Bienvenue !
Ce site rassemble des ressources pédagogiques liées à la modélisation de l'épidémie de COVID-19 en France, réalisées par et pour les élèves ingénieurs agronomes de L'institut Agro de Rennes, non sans apports des étudiants du Master MODE (Modélisation en écologie), qui est également une Spécialisation du cursus ingénieur.
Il s'agit d'exercices à visée strictement pédagogique. La critique des modèles fait partie de l'exercice. Les données proviennent de data.gouv.fr. Commentaires bienvenus : merci d'écrire à Frédéric Hamelin (frederic.hamelin@agrocampus-ouest.fr). Dernière mise à jour : le 20/05/2021.
Travaux dirigés en ligne
Les TD sont proposés en langage R.
Introduction à la modélisation en épidémiologie : COVID-19
1ère flambée
- TD1 : croissance exponentielle des décès
- TD2 : estimation du taux de létalité sur la base des données de tests et de décès
1er confinement
- TD3 : dynamique épidémique sur la base des données d'hospitalisations
- TD4 : dynamique épidémique sur la base des données de tests et de décès
2ème flambée
- TD5 : dynamique épidémique sur la base des données de tests et de décès
- L'appli COVID-19 présente un ajustement sur la base des données d'hospitalisations
2ème confinement
- TD6 : dynamique épidémique sur la base des données de tests, de décès, et d'hospitalisations
Applications interactives
Les applis sont réalisées avec Shiny.
COVID-19
Cette appli permet de visualiser l'évolution des hospitalisations et des admissions des malades, d'ajuster un modèle simple (cf. section "information on the model", onglet "model") et de réaliser des projections.
Dans la section "information on the model", l'onglet "Fitting example" donne un exemple d'ajustement de la dynamique épidémique durant la 2ème flambée, sur la base des données d'hospitalisations.
Appli réalisée par Maimouna Diarra (élève ingénieure agronome) dans le cadre d'un stage de S7 en décembre 2020/janvier 2021.
CovidContact
Cette appli propose un modèle structuré en âge pour modéliser la dynamique pendant et après le 1er confinement, et tester des scénarios de déconfinement. Le modèle est présenté sur la page suivante : Transmission du coronavirus confinement/post-confinement et impact des mesures de distanciation sociale.
Un exemple de sorties est proposé dans la section "Ajustement du modèle" puis "Représentations graphiques".
Appli créée par Nathéo Beauchamp et Loïc Lehnhoff (élèves ingénieurs agronome) dans le cadre de l'UE Modélisation en épidémiologie du M2 MODE en novembre 2020.